refactor: ensure correct usage of underscores and hyphens for file and folder names

[bobleesj]

Double check that we use "-" for folders, static files (.rst). Please check the tutorial provided in scikit-package/scikit-package#330

[stevenhua0320]

As we have skpkg with several times, I believe that we have correct usage of the symbols on files and folder names. See the tree structure here. If everything is fine here, we could close this issue.

(diffpy.pdfgui_env) huarundong@Stevens-MacBook-Pro-405 diffpy.pdfgui % tree
.
├── AUTHORS.rst
├── CHANGELOG.rst
├── CODE-OF-CONDUCT.rst
├── CODE_OF_CONDUCT.rst
├── LICENSE.rst
├── MANIFEST.in
├── README.rst
├── build
│   ├── bdist.macosx-11.0-arm64
│   └── lib
│       └── diffpy
│           ├── __init__.py
│           └── pdfgui
│               ├── __init__.py
│               ├── applications
│               │   ├── __init__.py
│               │   └── pdfgui.py
│               ├── control
│               │   ├── __init__.py
│               │   ├── calculation.py
│               │   ├── constraint.py
│               │   ├── controlerrors.py
│               │   ├── fitdataset.py
│               │   ├── fitstructure.py
│               │   ├── fitting.py
│               │   ├── organizer.py
│               │   ├── parameter.py
│               │   ├── pdfcomponent.py
│               │   ├── pdfdataset.py
│               │   ├── pdfguicontrol.py
│               │   ├── pdfguimacros.py
│               │   ├── pdflist.py
│               │   ├── pdfstructure.py
│               │   ├── plotter.py
│               │   └── structureviewer.py
│               ├── gui
│               │   ├── DesignNotes.txt
│               │   ├── __init__.py
│               │   ├── aboutdialog.py
│               │   ├── adddatapanel.py
│               │   ├── addphasepanel.py
│               │   ├── blankpanel.py
│               │   ├── bondangledialog.py
│               │   ├── bondlengthdialog.py
│               │   ├── calculationpanel.py
│               │   ├── datasetconfigurepanel.py
│               │   ├── datasetconstraintpanel.py
│               │   ├── datasetpanel.py
│               │   ├── datasetresultspanel.py
│               │   ├── debugoptions.py
│               │   ├── design
│               │   │   ├── __init__.py
│               │   │   ├── aboutdialog.wxg
│               │   │   ├── adddatapanel.wxg
│               │   │   ├── addphasepanel.wxg
│               │   │   ├── bondlengthdialog.wxg
│               │   │   ├── calculationpanel.wxg
│               │   │   ├── datasetconfigurepanel.wxg
│               │   │   ├── datasetconstraintpanel.wxg
│               │   │   ├── datasetpanel.wxg
│               │   │   ├── datasetresultspanel.wxg
│               │   │   ├── dopingseriespanel.wxg
│               │   │   ├── errorreportdialog.wxg
│               │   │   ├── fitnotebookpanel.wxg
│               │   │   ├── insertrowsdialog.wxg
│               │   │   ├── journalpanel.wxg
│               │   │   ├── outputpanel.wxg
│               │   │   ├── parameterspanel.wxg
│               │   │   ├── phaseconfigurepanel.wxg
│               │   │   ├── phaseconstraintspanel.wxg
│               │   │   ├── phaseresultspanel.wxg
│               │   │   ├── plotpanel.wxg
│               │   │   ├── preferencespanel.wxg
│               │   │   ├── resultspanel.wxg
│               │   │   ├── rseriespanel.wxg
│               │   │   ├── sgconstraindialog.wxg
│               │   │   ├── sgstructuredialog.wxg
│               │   │   ├── supercelldialog.wxg
│               │   │   └── temperatureseriespanel.wxg
│               │   ├── dopingseriespanel.py
│               │   ├── errorreportdialog.py
│               │   ├── errorreportdialog_control_fix.py
│               │   ├── errorwrapper.py
│               │   ├── extendedplotframe.py
│               │   ├── fitnotebookpanel.py
│               │   ├── fittree.py
│               │   ├── gui_organization.txt
│               │   ├── insertrowsdialog.py
│               │   ├── journalpanel.py
│               │   ├── main.py
│               │   ├── mainframe.py
│               │   ├── menuitems.txt
│               │   ├── outputpanel.py
│               │   ├── paneltest.py
│               │   ├── parameterspanel.py
│               │   ├── pdfguiglobals.py
│               │   ├── pdfpanel.py
│               │   ├── phaseconfigurepanel.py
│               │   ├── phaseconstraintspanel.py
│               │   ├── phasenotebookpanel.py
│               │   ├── phasepanelutils.py
│               │   ├── phaseresultspanel.py
│               │   ├── plotpanel.py
│               │   ├── preferencespanel.py
│               │   ├── resultspanel.py
│               │   ├── rseriespanel.py
│               │   ├── sgconstraindialog.py
│               │   ├── sgstructuredialog.py
│               │   ├── supercelldialog.py
│               │   ├── temperatureseriespanel.py
│               │   ├── tooltips.py
│               │   ├── welcomepanel.py
│               │   ├── windowperspective.py
│               │   └── wxextensions
│               │       ├── __init__.py
│               │       ├── autowidthlabelsgrid.py
│               │       ├── listctrls.py
│               │       ├── paneldialog.py
│               │       ├── textctrlutils.py
│               │       └── validators.py
│               ├── icons
│               │   ├── C60-16x16.png
│               │   ├── C60_202x202.xcf
│               │   ├── __init__.py
│               │   ├── buckyfccicon.m
│               │   ├── calculationitem.png
│               │   ├── columbia-logo.png
│               │   ├── danse-logo.png
│               │   ├── datasetitem.png
│               │   ├── exportplotdata.png
│               │   ├── exportplotdata.xcf
│               │   ├── fititem.png
│               │   ├── fitting.png
│               │   ├── fitting.xcf
│               │   ├── logo.png
│               │   ├── logo.xcf
│               │   ├── msu-logo.png
│               │   ├── nsf-logo.png
│               │   ├── pdfgui.ico
│               │   ├── pdfgui_512x512.xcf
│               │   ├── phaseitem.png
│               │   ├── plotting.png
│               │   ├── plotting.xcf
│               │   ├── run.png
│               │   ├── stop.png
│               │   ├── titlepage.png
│               │   └── titlepage.xcf
│               ├── pdfgui_app.py
│               ├── tui.py
│               ├── utils.py
│               └── version.py
├── cookiecutter.json
├── docs
│   ├── Makefile
│   ├── make.bat
│   └── source
│       ├── Farrow-jpcm-2007.pdf
│       ├── Proffen-jac-1999.pdf
│       ├── _static
│       ├── api
│       │   ├── diffpy.pdfgui.applications.rst
│       │   ├── diffpy.pdfgui.control.rst
│       │   ├── diffpy.pdfgui.gui.design.rst
│       │   ├── diffpy.pdfgui.gui.rst
│       │   ├── diffpy.pdfgui.gui.wxextensions.rst
│       │   ├── diffpy.pdfgui.icons.rst
│       │   └── diffpy.pdfgui.rst
│       ├── conf.py
│       ├── examples.rst
│       ├── extras.rst
│       ├── images
│       │   ├── Makefile
│       │   ├── eq-01.png
│       │   ├── eq-02.png
│       │   ├── fig2-01.png
│       │   ├── fig2-02.png
│       │   ├── fig2-03.png
│       │   ├── fig2-04.png
│       │   ├── fig2-05.png
│       │   ├── fig2-06.png
│       │   ├── fig2-07.png
│       │   ├── fig2-08.png
│       │   ├── fig2-09.png
│       │   ├── fig2-10.png
│       │   ├── fig2-11.png
│       │   ├── fig3-01.png
│       │   ├── fig3-02.png
│       │   ├── fig3-03.png
│       │   ├── fig3-04.png
│       │   ├── fig3-05.png
│       │   ├── fig3-06.png
│       │   ├── fig3-07.png
│       │   ├── fig3-08.png
│       │   ├── fig3-09.png
│       │   ├── fig3-10.png
│       │   ├── fig4-01.png
│       │   ├── fig4-02.png
│       │   ├── gear-icon.png
│       │   ├── originals
│       │   │   ├── fig2-01.png
│       │   │   ├── fig2-01.xcf
│       │   │   ├── fig2-02.png
│       │   │   ├── fig2-03.png
│       │   │   ├── fig2-04.png
│       │   │   ├── fig2-05.png
│       │   │   ├── fig2-06.png
│       │   │   ├── fig2-07.png
│       │   │   ├── fig2-08.png
│       │   │   ├── fig2-09.png
│       │   │   ├── fig2-10.png
│       │   │   ├── fig2-11.png
│       │   │   ├── fig3-01.png
│       │   │   ├── fig3-02.png
│       │   │   ├── fig3-03.png
│       │   │   ├── fig3-04.png
│       │   │   ├── fig3-05.png
│       │   │   ├── fig3-06.png
│       │   │   ├── fig3-07.png
│       │   │   ├── fig3-08.png
│       │   │   ├── fig3-09.png
│       │   │   ├── fig3-10.png
│       │   │   ├── fig4-01.png
│       │   │   └── fig4-02.png
│       │   ├── plot-icon.png
│       │   └── stop-icon.png
│       ├── img
│       ├── index.rst
│       ├── license.rst
│       ├── manual.rst
│       ├── manual_resources
│       │   ├── Doping data series.zip
│       │   ├── Nanoparticle structure.zip
│       │   ├── Ni data.zip
│       │   ├── Temperature data series.zip
│       │   └── tui_mno_bond_lengths.py
│       ├── pdfgui.pdf
│       ├── release.rst
│       ├── snippets
│       └── tutorial.rst
├── environment.yml
├── news
│   ├── TEMPLATE.rst
│   ├── doc.rst
│   ├── fix-gui-functionality.rst
│   ├── rm-manuals.rst
│   ├── rm-texinfo.rst
│   └── skpkg-update.rst
├── pyproject.toml
├── requirements
│   ├── conda.txt
│   ├── docs.txt
│   ├── pip.txt
│   └── tests.txt
├── src
│   └── diffpy
│       ├── __init__.py
│       ├── __pycache__
│       │   └── __init__.cpython-313.pyc
│       └── pdfgui
│           ├── __init__.py
│           ├── __pycache__
│           │   ├── __init__.cpython-313.pyc
│           │   ├── tui.cpython-313.pyc
│           │   ├── utils.cpython-313.pyc
│           │   └── version.cpython-313.pyc
│           ├── applications
│           │   ├── __init__.py
│           │   ├── __pycache__
│           │   │   ├── __init__.cpython-313.pyc
│           │   │   └── pdfgui.cpython-313.pyc
│           │   └── pdfgui.py
│           ├── control
│           │   ├── __init__.py
│           │   ├── __pycache__
│           │   │   ├── __init__.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── calculation.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── constraint.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── controlerrors.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── fitdataset.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── fitstructure.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── fitting.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── organizer.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── parameter.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdfcomponent.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdfdataset.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdfguicontrol.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdfguimacros.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdflist.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdfstructure.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── plotter.cpython-313.pyc
│           │   │   └── structureviewer.cpython-313.pyc
│           │   ├── calculation.py
│           │   ├── constraint.py
│           │   ├── controlerrors.py
│           │   ├── fitdataset.py
│           │   ├── fitstructure.py
│           │   ├── fitting.py
│           │   ├── organizer.py
│           │   ├── parameter.py
│           │   ├── pdfcomponent.py
│           │   ├── pdfdataset.py
│           │   ├── pdfguicontrol.py
│           │   ├── pdfguimacros.py
│           │   ├── pdflist.py
│           │   ├── pdfstructure.py
│           │   ├── plotter.py
│           │   └── structureviewer.py
│           ├── gui
│           │   ├── DesignNotes.txt
│           │   ├── __init__.py
│           │   ├── __pycache__
│           │   │   ├── __init__.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── aboutdialog.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── adddatapanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── addphasepanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── blankpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── calculationpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── datasetconfigurepanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── datasetconstraintpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── datasetpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── datasetresultspanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── debugoptions.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── dopingseriespanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── errorreportdialog.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── errorreportdialog_control_fix.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── errorwrapper.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── extendedplotframe.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── fitnotebookpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── fittree.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── insertrowsdialog.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── journalpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── main.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── mainframe.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── outputpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── parameterspanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdfguiglobals.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── pdfpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── phaseconfigurepanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── phaseconstraintspanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── phasenotebookpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── phasepanelutils.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── phaseresultspanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── plotpanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── preferencespanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── resultspanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── rseriespanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── sgconstraindialog.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── sgstructuredialog.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── temperatureseriespanel.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── tooltips.cpython-313.pyc
│           │   │   ├── welcomepanel.cpython-313.pyc
│           │   │   └── windowperspective.cpython-313.pyc
│           │   ├── aboutdialog.py
│           │   ├── adddatapanel.py
│           │   ├── addphasepanel.py
│           │   ├── blankpanel.py
│           │   ├── bondangledialog.py
│           │   ├── bondlengthdialog.py
│           │   ├── calculationpanel.py
│           │   ├── datasetconfigurepanel.py
│           │   ├── datasetconstraintpanel.py
│           │   ├── datasetpanel.py
│           │   ├── datasetresultspanel.py
│           │   ├── debugoptions.py
│           │   ├── design
│           │   │   ├── __init__.py
│           │   │   ├── aboutdialog.wxg
│           │   │   ├── adddatapanel.wxg
│           │   │   ├── addphasepanel.wxg
│           │   │   ├── bondlengthdialog.wxg
│           │   │   ├── calculationpanel.wxg
│           │   │   ├── datasetconfigurepanel.wxg
│           │   │   ├── datasetconstraintpanel.wxg
│           │   │   ├── datasetpanel.wxg
│           │   │   ├── datasetresultspanel.wxg
│           │   │   ├── dopingseriespanel.wxg
│           │   │   ├── errorreportdialog.wxg
│           │   │   ├── fitnotebookpanel.wxg
│           │   │   ├── insertrowsdialog.wxg
│           │   │   ├── journalpanel.wxg
│           │   │   ├── outputpanel.wxg
│           │   │   ├── parameterspanel.wxg
│           │   │   ├── phaseconfigurepanel.wxg
│           │   │   ├── phaseconstraintspanel.wxg
│           │   │   ├── phaseresultspanel.wxg
│           │   │   ├── plotpanel.wxg
│           │   │   ├── preferencespanel.wxg
│           │   │   ├── resultspanel.wxg
│           │   │   ├── rseriespanel.wxg
│           │   │   ├── sgconstraindialog.wxg
│           │   │   ├── sgstructuredialog.wxg
│           │   │   ├── supercelldialog.wxg
│           │   │   └── temperatureseriespanel.wxg
│           │   ├── dopingseriespanel.py
│           │   ├── errorreportdialog.py
│           │   ├── errorreportdialog_control_fix.py
│           │   ├── errorwrapper.py
│           │   ├── extendedplotframe.py
│           │   ├── fitnotebookpanel.py
│           │   ├── fittree.py
│           │   ├── gui_organization.txt
│           │   ├── insertrowsdialog.py
│           │   ├── journalpanel.py
│           │   ├── main.py
│           │   ├── mainframe.py
│           │   ├── menuitems.txt
│           │   ├── outputpanel.py
│           │   ├── paneltest.py
│           │   ├── parameterspanel.py
│           │   ├── pdfguiglobals.py
│           │   ├── pdfpanel.py
│           │   ├── phaseconfigurepanel.py
│           │   ├── phaseconstraintspanel.py
│           │   ├── phasenotebookpanel.py
│           │   ├── phasepanelutils.py
│           │   ├── phaseresultspanel.py
│           │   ├── plotpanel.py
│           │   ├── preferencespanel.py
│           │   ├── resultspanel.py
│           │   ├── rseriespanel.py
│           │   ├── sgconstraindialog.py
│           │   ├── sgstructuredialog.py
│           │   ├── supercelldialog.py
│           │   ├── temperatureseriespanel.py
│           │   ├── tooltips.py
│           │   ├── welcomepanel.py
│           │   ├── windowperspective.py
│           │   └── wxextensions
│           │       ├── __init__.py
│           │       ├── __pycache__
│           │       │   ├── __init__.cpython-313.pyc
│           │       │   ├── autowidthlabelsgrid.cpython-313.pyc
│           │       │   ├── listctrls.cpython-313.pyc
│           │       │   ├── textctrlutils.cpython-313.pyc
│           │       │   └── validators.cpython-313.pyc
│           │       ├── autowidthlabelsgrid.py
│           │       ├── listctrls.py
│           │       ├── paneldialog.py
│           │       ├── textctrlutils.py
│           │       └── validators.py
│           ├── icons
│           │   ├── C60-16x16.png
│           │   ├── C60_202x202.xcf
│           │   ├── __init__.py
│           │   ├── buckyfccicon.m
│           │   ├── calculationitem.png
│           │   ├── columbia-logo.png
│           │   ├── danse-logo.png
│           │   ├── datasetitem.png
│           │   ├── exportplotdata.png
│           │   ├── exportplotdata.xcf
│           │   ├── fititem.png
│           │   ├── fitting.png
│           │   ├── fitting.xcf
│           │   ├── logo.png
│           │   ├── logo.xcf
│           │   ├── msu-logo.png
│           │   ├── nsf-logo.png
│           │   ├── pdfgui.ico
│           │   ├── pdfgui_512x512.xcf
│           │   ├── phaseitem.png
│           │   ├── plotting.png
│           │   ├── plotting.xcf
│           │   ├── run.png
│           │   ├── stop.png
│           │   ├── titlepage.png
│           │   └── titlepage.xcf
│           ├── pdfgui_app.py
│           ├── tui.py
│           ├── utils.py
│           └── version.py
└── tests
    ├── __pycache__
    │   ├── conftest.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_aboutdialog.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_calculation.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_constraint.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_datasetpanels.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_dopingseriespanel.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_extendedplotframe.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_fitdataset.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_fitstructure.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_insertrowsdialog.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_loadproject.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_mainframe.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_parameter.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_parameterspanel.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_pdfdataset.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_pdfguicontrol.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_pdfstructure.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_phaseconfigurepanel.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_showphasenotebookpanel.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_structureviewer.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_temperatureseriespanel.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   ├── test_version.cpython-313-pytest-9.0.2.pyc
    │   └── testutils.cpython-313.pyc
    ├── conftest.py
    ├── test_aboutdialog.py
    ├── test_calculation.py
    ├── test_constraint.py
    ├── test_datasetpanels.py
    ├── test_dopingseriespanel.py
    ├── test_extendedplotframe.py
    ├── test_fitdataset.py
    ├── test_fitstructure.py
    ├── test_insertrowsdialog.py
    ├── test_loadproject.py
    ├── test_mainframe.py
    ├── test_parameter.py
    ├── test_parameterspanel.py
    ├── test_pdfdataset.py
    ├── test_pdfguicontrol.py
    ├── test_pdfstructure.py
    ├── test_phaseconfigurepanel.py
    ├── test_showphasenotebookpanel.py
    ├── test_structureviewer.py
    ├── test_temperatureseriespanel.py
    ├── test_version.py
    ├── testdata
    │   ├── 300K.gr
    │   ├── 550K.gr
    │   ├── CdSe_bulk_wur.stru
    │   ├── LaMnO3.stru
    │   ├── Ni.dat
    │   ├── Ni.stru
    │   ├── Ni_2-8.chi.gr
    │   ├── lcmo.ddp
    │   ├── lcmo_00.gr
    │   ├── lcmo_20.gr
    │   ├── lcmo_full.ddp
    │   └── ni.ddp
    └── testutils.py

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