高性能生物信息学系统软件与中文知识库
High-performance systems software for genomics — compression, alignment, SIMD kernels, bounded-memory pipelines.
从 FASTQ 压缩、序列比对到高性能计算流水线，以及把它们讲清楚的知识库。 同一核心工具常设 C++23 与 Rust 两条实现线：前者面向极致性能与生产部署，后者面向内存安全与可移植性；已收敛的实验路线移入归档区保留。
维护模式（2026-11-06）：生物信息是过去的主线，不再是当前重点。仓库保留可复现性与必要的维护修复；不新增主线功能。当前系统工作见 holtwood-systems。
| 项目 | 语言 | 说明 |
|---|---|---|
| fq-compressor 🌐 | C++23 | FASTQ 专用压缩归档：列式分离 + 2-bit 碱基打包 + Zstd，三层 XXH64 校验，内存有界 |
| fq-compressor-rust | Rust | 围绕块索引 .fqc 归档格式的独立实现，支持随机访问 |
⚠️ 两个fqc的格式族不同。 它们共享fqc命令名与.fqc后缀，但归档格式族互不兼容，不能互相解码。跨实现使用前请先确认格式族，详见各仓库 README。 两者的许可证也不同，详见各自LICENSE。
| 项目 | 语言 | 说明 |
|---|---|---|
| fastq-tools | C++23 | 高性能 FASTQ 质控工具（统计 / 过滤）：零拷贝 I/O、TBB 流水线 |
| minibwa-rust | Rust | lh3/minibwa（bwa-mem 继任者）的纯 Rust 移植：索引与 C 版字节级兼容，CI 对照验证，含配对端 |
| 项目 | 语言 | 说明 |
|---|---|---|
| bwa-rust | Rust | BWA-MEM 风格比对器的从零实现（FM-index → SMEM → chaining → SW → SAM 全链路），已由 minibwa-rust 承接，保留作教学参考 |
| 项目 | 语言 | 说明 |
|---|---|---|
| micos-2024 🌐 | Python | 2024「猛犸杯」参赛作品 · 宏基因组学端到端分析流程 |
| 项目 | 说明 |
|---|---|
| wiki-bioinfo 🌐 | 面向中文社区的生物信息学体系化知识库：连接生物学对象、计算模型、核心算法、分析流程与数据资源 |
| awesome-bioinfo-algorithms | 精选生物信息学算法知识库，含复杂度分析、CLI 维护工具与双语文档 |
- 内存上界靠设计，不靠压测 — 有界队列 + credit 反压，worst-case RSS 在实现之前推导。
- 基准是台账，不是截图 — 合成数据与真实语料分开报告，每次变更过回归。
- Fail closed — 截断、校验和不匹配、内存超预算一律报错终止，绝不静默篡改。
不承诺新功能；优先接受正确性、构建、安全与文档修复。
- 各仓库的
CONTRIBUTING.md描述该项目的具体流程；未单独定义的，以组织的 贡献指南 为准 - 安全问题请走各仓库的私有漏洞上报通道，详见 安全策略
- 所有仓库遵循行为准则
- 需要帮助或不确定该开在哪，见支持指南
维护者：holtwood · 当前方向：holtwood-systems · 比赛：holtwood-arena